Výhody práce s naskenovanými výkresy výrazným způsobem umocňuje jejich transformace do reálných souřadnic. Podle charakteristiky vstupních podkladů a jejich následnému využití je zvolena metoda vlastní transformace : afinní, kolineární, polynomická.

​

Výsledkem jsou georeferencované mapy (výkresy), které po načtení do příslušného CAD/GIS programu umístí na správnou polohu v souřadnicovém systému (S-JTSK). V případě zpracování více na sebe navazujících podkladů vznikne jedna bezešvá mapa (výkres). Nejčastěji používanými formáty jsou TIFF(se souborem georeference tfw), CIT, Mr. Sid, JPG a další.

​

Transformace mapových podkladů je ve společnosti Data System využívána jako příprava pro vektorizaci topografických podkladů jako jsou např. vrstevnicové plány nebo mapy velkých měřítek pro zpracování reliéfů krajiny nebo 3D vizualizací. S těmito činnostmi souvisí i např. využití nástrojů pro odseparování jednotlivých barevných složek skenátů a jejich následného zpracování a řada dalších operací pro práci s naskenovanými rastrovými podklady.